Materialaufbereitung-Section (Template)

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Section: Material und Materialaufbereitung (Procedure Steps)

	Template-Metadaten
Template-Typ	Section
Template ID	1.3.6.1.4.1.19376.1.8.1.2.6
generischeres Template
genutztes Templates	keine
nutzende Templates
abgeleitete Templates
Schwester-Templates
Generelle Beschreibung	In diesem Abschnitt werden die Informationen zur Materialaufbereitung übermittelt.
allg. Erläuterung	vom Sektorkommitee Pathologie/Neuropathologie gefordert
Verhältnis zu IHE	dt.Übersetzung oder Ergänzung oder neu
Ballotierungsstatus	in Arbeit
Erweiterbarkeit	geschlossen

Definition und Zweck

Diese Section beschreibt die Proben (Material, Specimens), die übersandt wurden, die Methode ihrer Gewinnung und ihre Herkunft (Specimen collection) und die Materialaufbereitung (Specimen processing): Repräsentative Proben, Schritte des Workflow (Trimming, Embedding, Cutting, Staining) und davon abgeleitete Gewebsproben für weitere Untersuchungstechniken (Flowzytometrie, zytogenetische und molekularpathologische Untersuchungen, Elektronenmikroskopie etc.) oder Biobanken. Diese Informationen werden in einem Specimen Information Organizer Entry organisiert (IHE APSR evolution 2014). Alternativ werden alle Informationen der Specimen collection procedure und Specimen processing procedures in einem Specimen Collection Procedure Entry Modul sowie alle diagnostischen Probleme, die während der Untersuchung der Specimens oder Gruppen von Specimens relevant geworden sind,in einem Problem organizer Entry Modul aufgelistet.

Erläuterungen

Synonyme: Untersuchungsmaterial, Probe, Probenmaterial, Specimen

Das zugrundeliegende Konzept lautet: "Untersuchungsmaterial, d. h. bioptisch, operativ oder durch Punktion oder durch Sammeln gewonnenes Gewebs- oder Zellmaterial sowie Körperflüssigkeiten, das zur pathologisch-anatomischen Begutachtung eingesandt wurde. Jedes vom Einsender in separatem Gefäß ("container") übersandtes oder auf dem Untersuchungsantrag separat bezeichnetes Untersuchungsmaterial ("part") ist innerhalb einer Begutachtung auch separat zu behandeln. Die Materialbezeichnung richtet sich nach der des Einsenders.

Das Material spielt eine zentrale Rolle bei der Organisation des gesamten Befundberichtes. Jedes Material ist makroskopisch und mikroskopisch zu beschreiben. Die diagnostische Bewertung kann mehrere Materialien (Gruppen von Specimens) synoptisch behandeln. Zur vertieften Erläuterung dieser Problematik siehe auch cdapath:Child Element Content Module (Template): Specimen Collection Procedure Entry Modul

Der Terminus "Specimen" ist mehrdeutig: Ein physikalisches Objekt (oder eine Ansammlung von Objekten, ist dann ein Specimen, wenn das Labor es als eine diskrete, eindeutig identifizierte Einheit betrachtet, die das Subjekt eines oder mehrerer Schritte im diagnostischen Workflow ist. Damit ist "Specimen" definiert als eine Rolle, die durch ein physikalisches Objekt (oder eine Ansammlung solcher Objekte, die als Einheit betrachtet werden) gespielt wird, wenn das Objekt durch das Labor eindutig identifiziert wird und direkt das Subjekt eines oder mehrerer Schritte im diagnostischen Workflow des Labors ist.

Sowohl ein eingesandtes Resektat, als auch eine Gewebsscheibe daraus, als auch ein Gewebsstück in einem Block, als auch ein Gewebsschnitt ist ein Specimen. Im Laborprozess werden dabei Eigenschaften "vererbt", ein "Child" entsteht aus einem "Parent" durch einen Prozess, das Child ist Produkt des Prozesses.

Specimen Container (oder einfach Container) spielen eine wichtige Rolle in diesem Workflow: In den meisten Prozessschritten werden die Specimen in Containern bearbeitet, teilweise gehen Specimen und Container eine sehr enge Verbindung ein (z.B. Paraffin und Gewebe im Block), manchmal wird der Container Teil des diagnostischen Prozesses (Objektträger, Gewebsschnitt, Eindeckmedium und Deckglas im optischen Strahlengang beim bildgebenden Prozess).

Praktisch haben nur Container Identifikatoren, die für die Prozesssteuerung und teilweise auch beim bildgebenden Prozess (z.B. WSI) unerlässlich sind. Die Identifikatoren der Specimen bleiben meist virtuell, physikalisch nicht zu erfassen. In der Mehrzahl aller Fälle besteht zwischen Specimen und Container eine 1:1 Beziehung; die ID von Specimen und Container sind dann identisch. Es gibt allerdings auch Anwendungsfälle, in denen mehrere Specimen in Beziehung zu einem Container stehen. In diesen Situationen müssen die IDs verschieden sein!

([1]S.40-45) bzw. DICOM Suppl. 122 ([2], S.17 ff)

Organisation nach IHE APSR

Textinformationen zum Material können sich in den Sections "Klinische Information", "Materialaufbereitung"und evtl. "Makroskopische Beschreibung" finden.

Die Steuerungsfunktion wird durch die Materialaufbereitungs Section (Procedure Steps section) gewährleistet. In dieser Section werden unter dem "Specimen procedure step entry", ein Child Element Content Module, die hierarchischen Beziehungen zwischen den Specimen auf Case- Part- Block- und Slide-Ebene gemäß CDA-RIM über entryRelationships abgebildet, indem die Specimens einer Hierarchie-Ebene jeweils als Produkt der prozedur der übergeordneten Hierarchie-Ebene beschrieben werden.

Das IHE Diagramm veranschaulicht diese Zusammenhänge.

Abb.: Entries der Specimen Procedure Step Section

Alternativ könnte auf das entryRelationship-Konstrukt verzichtet werden, indem für jedes Specimen neben seiner eineindeutigen ID noch die ID seines Ausgangsproduktes (parentID) angegeben wird (gemäß V3_DAM_SPECIMEN_R1_I1_2014MAY).

Für die Organisationsfunktion des Materials bieten sich die drei "klassischen" Materialebenen an: Part (Teil), Block, Schnitt, von denen bisher nur der Part als Organisationseinheit für konventionelle Befunde genutzt wird. Eine exakte Unterscheidung zwischen Specimen und Container erfolgt bisher nicht, ist aber für Spezialfälle (Tissue Micro Arrays - TMA, on-slide-Kontrollen, Serienschnitte) unabdingbar.

Für eine perspektivische Berücksichtigung von Digitalen Bildern (bis zum Virtual Slide) sollte die in IHE-PAT_TF-1 ([3]S.40-45) bzw. DICOM Suppl. 122 ([4], S.17 ff) vorgenommene Analyse der Beziehungen von Specimen und Container unbedingt in diesem Leitfaden berücksichtigt werden.

Die dafür notwendigen gestaffelten ID´s von Container und Specimen (Part, Block, Slide) sowie die Hierarchie der Specimens und Container einschl. der jeweiligen Herkunft und der Prozeduren, die zum Specimen geführt haben (im DICOM Modell die Specimen Preparation Sequence und Specimen Preparation Step Content Item Sequence) müssen vom Pathologiesystem gemäß DICOM Suppl. 122 bereitgestellt werden.

Alle Beziehungen zwischen Beobachtung und Specimen werden durch Referenzierung auf die Specimen-ID hergestellt.

Die auf der "Part"-Ebene von ELGA (ELGA_CDA_Laborbefund_2.00_FWGD) vorgeschlagene Strukturierung der Spezimeninformation für Laborbefunde ist nicht zum IHE-Konstrukt der Procedure Steps Section kompatibel:

Feld	Beschreibung
Zeitpunkt des Eintreffens	Zeitpunkt der Materialannahme
Specimen Type	Art der Probe (=Materialart)
Entnahmeort	Körperstelle / Organ der Materialentnahme
Entnahmeart (SpecimenCollectionProcedure - ActCode)	Art der Gewinnung
Specimen ID	Material (Part-, Block-, Slide)-ID
Entnehmende Person (Performer)	Person, die Materialentnahme durchgeführt hat
Kommentar	Kommentar
Qualität	Kommentar zur Materialqualität

Der in Abstimmung befindliche ELGA-Vorschlag zu "Entnahmeort" (procedure target site) ist in folgender Tabelle dargestellt, ergänzt durch SNOMED CT Codes. Diese Darstellung reicht jedoch möglicherweise nicht in jedem Fall aus:

Bei Geweben/Organen, die eine große Ausdehnung haben, z.B. Haut, oder bei denen eine genaue Lokalisation therapieweisend sein könnte, z.B. Brustquadranten, Lebersegmente, etc., muss noch eine genaue Lokalisation hinzugegeben werden, die auf Freitext beschränkt bleiben sollte. Außerdem gehört hier auch bei paarigen Organen die Lateralitätsangabe hinzu. Die Darstellung des "Entnahmeortes" muss also durch weitere Qualifier der Body Structure behandelt werden.

Material-Hauptkategorie	SNOMED CT	Material-Subkategorie	SNOMED CT
Bewegungsapparat / Weichgewebe	309072003	Bewegungsapparat, allgemein	309104000
		Muskel	119331003
		Knochen	430268003
		Sehnen, Bänder, Gelenke	309107007
		Weichgewebe allgemein	309072003
Brustdrüse / Axilla		Brustdrüse / Axilla
Haut / Subcutis		Haut / Subcutis, allgemein
Hämatopoetisches+Lymphatisches System		Hämatopoetisches System, allgemein
		Blut
		Thymus
		Tonsille/Adenoide
		Knochenmark
		Lymphatisches System, allgemein
		Lymphknoten
		Milz
etc.

Attribute

Diese Section muss ein Code Element enthalten, das mit folgenden Attributen gefüllt ist:

Lvl	RIM	Name	DT	Kard	Conf	Beschreibung
1	act	section		1..1	M
2	act	templateId		1..1	F	@root= 1.3.6.1.4.1.19376.1.8.1.2.xxx
2	act	code	CD	1..1	F	@code= "68992-7" @codeSystem= "2.16.840.1.113883.6.1" @displayName= "Specimen-related information panel"
2	act	title		1..1	R
2	act	text		1..1	R	Diese Section soll ein Text Element enthalten, welches die Information zur Materialaufbereitung lesbar enthält.
2	act	entry		1..1	M
3	act	templateId		1..1	F	@root= 1.3.6.1.4.1.19376.1.8.1.4.4
3	act	title		1..1	R	Specimen Information Organizer
2	act	entry		1..1	M	(alternativ zu Specimen Information Organizer)
3	act	templateId		1..1	F	@root= 1.3.6.1.4.1.19376.1.3.1.2
3	act	title		1..1	R	Specimen collection procedure
2	act	entry		1..1	M	(alternativ zu Specimen Information Organizer)
3	act	templateId		1..1	F	@root= 1.3.6.1.4.1.19376.1.8.1.4.8
3	act	title		1..1	R	Problem organizer
2	part			0..1	O
3	role	author		1..1	R	Diese Section sollte ein Autor Element enthalten, wenn der Autor dieser Section von dem in höheren Ebenen des Dokuments verschieden ist.
4	ent	Person		0..1	R	Arzt

Beispiel:

Die Informationsstruktur kann infolge der Hierarchie von Einsendung, Parts, Blocks und Slides sehr komplex werden. Als ein konkretes Beispiel soll das der xml-Instanz im Anhang A dienen:

Einsendung (Specimen): Zystoprostatektomiepräparat

a) specimen collection method:
a1) radical cystoprostatectomy (procedure), for all

b) specimen type:
b1) specimen from urinary bladder obtained by radical cystectomy (specimen)
b2) specimen from prostate obtained by radical prostatectomy (specimen)
b3) Tissue specimen from urethra (specimen)
b4) specimen obtained by marginal resection (specimen)

c) specimen collection source site:
c1) prostate and urinary bladder combinated site (body structure), for b1), b2)
c2) Urethra part (body structure), for b3), b4)

d) specimen treatmentProcedure:
d1) Tissue processing technique, routine, embed, cut and stain, per surgical specimen (procedure), for b1) through b3)
d2) Tissue frozen section technique, complete (procedure), for b4)

Vom Pathologiesystem werden für jedes dieser Items separate IDs vergeben, die diese Hierarchie wiedergeben können, aber nicht müssen. Im APSR finden diese IDs Verwendung bei der Referenzierung der AP observations. Jede ID muss eineindeutig die Charakteristika des jeweiligen Specimens rückverfolgbar machen.

Das nachfolgende XML-Beispiel drückt das noch nicht aus!

<section>
  <templateId root='1.3.6.1.4.1.19376.1.8.1.2.99'/>
  <code code='46059-2' displayName='Special treatments and procedures section'
        codeSystem='2.16.840.1.113883.6.1' codeSystemName='LOINC'/> 
  <title>PROCEDURE STEPS</title>
  <text>
      Probe 1 (bezeichnet mit  “Mammabiopsie links”) wird für Gefrierschnitt aufgearbeitet.
      Restgewebe für Paraffinhistologie. 
      Probe 2 (bezeichnet als “ax.Fettgewebe apikal”), in zwei Teilen übersandt, wird vollständig gebettet und mit zahlreichen Schnittstufen untersucht.
  </text>
  <!-- Procedure steps entry -->
  <entry typeCode="" contextConductionInd="false">
    <procedure negationInd="false" classCode="PROC" moodCode="EVN">
        <templateId root="2.16.840.1.113883.10.12.306"/>
        <templateId root="2.16.840.1.113883.3.1937.99.61.5.10.900283"/>
          <id root="1.2.3.999" extension="--example only--"/>
          <code code="17636008" codeSystem="2.16.840.1.113883.6.96" displayName="Specimen collection (procedure)"/>
          <text/>
          <statusCode code="normal"/>
          <effectiveTime><low value="20141226122646"/></effectiveTime>
          <methodCode/>
          <targetSiteCode/>
          <specimen><!-- template 2.16.840.1.113883.10.12.322 (dynamic) --></specimen>
          <performer><!-- template CDAPerformerBody (dynamic) --></performer>
          <author><!-- template CDAAuthorBody (dynamic) --></author>
          <participant><!-- include template 2.16.840.1.113883.3.1937.99.61.5.10.900284 (dynamic) 1..1 M--></participant>
    </procedure>
  </entry>
</section>