Materialaufbereitung-Section (Template)
Dieses Material ist Teil des Leitfadens Pathologiebefund.
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Inhaltsverzeichnis
Section: Material und Materialaufbereitung (Procedure Steps)
| Template-Metadaten | |
| Template-Typ | Section |
| Template ID | 1.3.6.1.4.1.19376.1.8.1.2.99 |
| generischeres Template | |
| genutztes Templates | keine |
| nutzende Templates | |
| abgeleitete Templates | |
| Schwester-Templates | |
| Generelle Beschreibung | In diesem Abschnitt werden die Informationen zur Materialaufbereitung übermittelt. |
| allg. Erläuterung | vom Sektorkommitee Pathologie/Neuropathologie gefordert |
| Verhältnis zu IHE | dt.Übersetzung oder Ergänzung oder neu |
| Ballotierungsstatus | in Arbeit |
| Erweiterbarkeit | geschlossen |
Definition und Zweck
Diese Section beschreibt die Proben (Material, Specimens), die übersandt wurden und die Materialaufbereitung: Repräsentative Proben und davon abgeleitete Gewebsproben für weitere Untersuchungstechniken (Flowzytometrie, zytogenetische und molekularpathologische Untersuchungen, Elektronenmikroskopie etc.) oder Biobanken. Diese Informationen werden in einem Specimen Information Organizer Entry organisiert. Alternativ werden alle Specimen collectioon procedure Informationen sowie alle diagnostischen Probleme, die während der Untersuchung der Specimens oder Gruppen von Specimens relevant geworden sind, in einem Specimen Collection Procedure Entry Modul und in einem Problem organizer Entry Modul aufgelistet.
Erläuterungen
Synonyme: Untersuchungsmaterial, Probe, Probenmaterial, Specimen
Das zugrundeliegende Konzept lautet: "Untersuchungsmaterial, d. h. bioptisch, operativ oder durch Punktion oder durch Sammeln gewonnenes Gewebs- oder Zellmaterial sowie Körperflüssigkeiten, das zur pathologisch-anatomischen Begutachtung eingesandt wurde. Jedes vom Einsender in separatem Gefäß ("container") übersandtes oder auf dem Untersuchungsantrag separat bezeichnetes Untersuchungsmaterial ("part") ist innerhalb einer Begutachtung auch separat zu behandeln. Die Materialbezeichnung richtet sich nach der des Einsenders.
Das Material spielt eine zentrale Rolle bei der Organisation des gesamten Befundberichtes. Jedes Material ist makroskopisch und mikroskopisch zu beschreiben. Die diagnostische Bewertung kann mehrere Materialien (Gruppen von Specimens) synoptisch behandeln. Zur vertieften Erläuterung dieser Problematik siehe auch cdapath:Child Element Content Module (Template): Specimen Collection Procedure Entry Modul
Der Terminus "Specimen" ist mehrdeutig: Ein physikalisches Objekt (oder eine Ansammlung von Objekten, ist dann ein Specimen, wenn das Labor es als eine diskrete, eindeutig identifizierte Einheit betrachtet, die das Subjekt eines oder mehrerer Schritte im diagnostischen Workflow ist. Damit ist "Specimen" definiert als eine Rolle, die durch ein physikalisches Objekt (oder eine Ansammlung solcher Objekte, die als Einheit betrachtet werden) gespielt wird, wenn das Objekt durch das Labor eindutig identifiziert wird und direkt das Subjekt eines oder mehrerer Schritte im diagnostischen Workflow des Labors ist.
Sowohl ein eingesandtes Resektat, als auch eine Gewebsscheibe daraus, als auch ein Gewebsstück in einem Block, als auch ein Gewebsschnitt ist ein Specimen. Im Laborprozess werden dabei Eigenschaften "vererbt", ein "Child" entsteht aus einem "Parent" durch einen Prozess, das Child ist Produkt des Prozesses.
Specimen Container (oder einfach Container) spielen eine wichtige Rolle in diesem Workflow: In den meisten Prozessschritten werden die Specimen in Containern bearbeitet, teilweise gehen Specimen und Container eine sehr enge Verbindung ein (z.B. Paraffin und Gewebe im Block), manchmal wird der Container Teil des diagnostischen Prozesses (Objektträger, Gewebsschnitt, Eindeckmedium und Deckglas im optischen Strahlengang beim bildgebenden Prozess).
Praktisch haben nur Container Identifikatoren, die für die Prozesssteuerung und teilweise auch beim bildgebenden Prozess (z.B. WSI) unerlässlich sind. Die Identifikatoren der Specimen bleiben meist virtuell, physikalisch nicht zu erfassen. In der Mehrzahl aller Fälle besteht zwischen Specimen und Container eine 1:1 Beziehung; die ID von Specimen und Container sind dann identisch. Es gibt allerdings auch Anwendungsfälle, in denen mehrere Specimen in Beziehung zu einem Container stehen. In diesen Situationen müssen die IDs verschieden sein!
([1]S.40-45) bzw. DICOM Suppl. 122 ([2], S.17 ff)
Organisation nach IHE
Textinformationen zum Material können sich in den Sections "Klinische Information", "Materialaufbereitung"und evtl. "Makroskopische Beschreibung" finden. Die Steuerungsfunktion wird durch die Materialaufbereitungs Section (Procedure Steps section) gewährleistet. In dieser Section werden über den "Specimen Information Organizer" und das "Specimen Collection Procedure template", beides Child Element Content Modules, die hierarchischen Beziehungen zwischen den Specimen auf Case- Part- Block- und Slide-Ebene gemäß CDA-RIM abgebildet.
Das IHE Diagramm veranschaulicht diese Zusammenhänge.
TBD: warten auf aktualisiertes Schema
Organisation nach HL7-D
Die Informationen zum Material werden in der Materialaufbereitungs-Section gesammelt und nicht über den gesamten Befund verstreut. In dieser Section werden auch die zu beschreibenden Probleme aufgeführt und identifiziert. Specimen- und Problembeschreibung könnten durch einen Specimen Information Organizer gebündelt werden
Alle Beziehungen zwischen Beobachtung und Material bzw. Problem werden durch Referenzierung auf die Material-und Problem-ID hergestellt.
Für die Organisationsfunktion des Materials böten sich auch die drei "klassischen" Materialebenen an: Part (Teil), Block, Schnitt, von denen bisher nur der Part als Organisationseinheit für die Befunde genutzt wird. Eine exakte Unterscheidung zwischen Part und Container erfolgt bisher nicht.
Für eine perspektivische Berücksichtigung von Digitalen Bildern (bis zum Virtual Slide) sollte die in IHE-PAT_TF-1 ([3]S.40-45) bzw. DICOM Suppl. 122 ([4], S.17 ff) vorgenommene Analyse der Beziehungen von Specimen und Container unbedingt im Auge behalten und in diesem Leitfaden berücksichtigt werden.
Die dafür notwendigen gestaffelten ID´s von Container und Specimen (Part, Block, Slide) sowie die Specimen Preparation Sequence und Specimen Preparation Step Content Item Sequence müssen vom Pathologiesystem gemäß DICOM Suppl. 122 bereitgestellt werden.
Auf der "Part"-Ebene kann die von ELGA (ELGA_CDA_Laborbefund_2.00_FWGD) vorgeschlagene Strukturierung der Spezimeninformation für Laborbefunde wahrscheinlich zum großen Teil durch das IHE-Konstrukt von Specimen Information Organizer mit dem Specimen Collection Procedure Template realisiert werden:
| Feld | Beschreibung |
|---|---|
| Zeitpunkt des Eintreffens | Zeitpunkt der Materialannahme |
| Specimen Type | Art der Probe (=Materialart) |
| Entnahmeort | Körperstelle / Organ der Materialentnahme |
| Entnahmeart (SpecimenCollectionProcedure - ActCode) | Art der Gewinnung |
| Specimen ID | Material (Part-, Block-, Slide)-ID |
| Entnehmende Person (Performer) | Person, die Materialentnahme durchgeführt hat |
| Kommentar | Kommentar |
| Qualität | Kommentar zur Materialqualität |
Für "Specimen Type", "Entnahmeort" und "Entnahmeart" müssen müssen SNOMED CT Codes aus der "Specimen", "Body Structure" und "Procedure" Achse übernommen werden. Die Unterscheidung zwischen Specimen Type und Entnahmeart ist evtl. tautologisch!! und kann durch einen SNOMED CT Code abgedeckt werden.
Der in Abstimmung befindliche ELGA-Vorschlag zu "Entnahmeort" (procedure target site) ist in folgender Tabelle dargestellt, ergänzt durch SNOMED CT Codes. Diese Darstellung reicht jedoch möglicherweise nicht in jedem Fall aus:
Bei Geweben/Organen, die eine große Ausdehnung haben, z.B. Haut, oder bei denen eine genaue Lokalisation therapieweisend sein könnte, z.B. Brustquadranten, Lebersegmente, etc., muss noch eine genaue Lokalisation hinzugegeben werden, die auf Freitext beschränkt bleiben sollte. Außerdem gehört hier auch bei paarigen Organen die Lateralitätsangabe hinzu. Die Darstellung des "Entnahmeortes" muss also durch weitere Qualifier der Body Structure behandelt werden.
| Material-Hauptkategorie | SNOMED CT | Material-Subkategorie | SNOMED CT |
|---|---|---|---|
| Bewegungsapparat / Weichgewebe | 309072003 | Bewegungsapparat, allgemein | 309104000 |
| Muskel | 119331003 | ||
| Knochen | 430268003 | ||
| Sehnen, Bänder, Gelenke | 309107007 | ||
| Weichgewebe allgemein | 309072003 | ||
| Brustdrüse / Axilla | Brustdrüse / Axilla | ||
| Haut / Subcutis | Haut / Subcutis, allgemein | ||
| Hämatopoetisches+Lymphatisches System | Hämatopoetisches System, allgemein | ||
| Blut | |||
| Thymus | |||
| Tonsille/Adenoide | |||
| Knochenmark | |||
| Lymphatisches System, allgemein | |||
| Lymphknoten | |||
| Milz | |||
| etc. |
 |
GH:in HL7 v26_appendix_a.pdf (Data definition tables) werden Kapitel 17.4.2 und 17.4.7 referenziert, die ich bisher nicht finden konnte! |
Attribute
Diese Section muss ein Code Element enthalten, das mit folgenden Attributen gefüllt ist:
| Lvl | RIM | Name | DT | Kard | Conf | Beschreibung |
|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | act | section | 1..1 | M | ||
| 2 | act | templateId | 1..1 | F | @root= 1.3.6.1.4.1.19376.1.8.1.2.xxx | |
| 2 | act | code | CD | 1..1 | F | @code= "68992-7" @codeSystem= "2.16.840.1.113883.6.1" |
| 2 | act | title | 1..1 | R | ||
| 2 | act | text | 1..1 | R | Diese Section soll ein Text Element enthalten, welches die Information zur Materialaufbereitung lesbar enthält. | |
| 2 | act | entry | 1..1 | M | ||
| 3 | act | templateId | 1..1 | F | @root= 1.3.6.1.4.1.19376.1.8.1.4.4 | |
| 3 | act | title | 1..1 | R | Specimen Information Organizer | |
| 2 | act | entry | 1..1 | M | (alternativ zu Specimen Information Organizer) | |
| 3 | act | templateId | 1..1 | F | @root= 1.3.6.1.4.1.19376.1.3.1.2 | |
| 3 | act | title | 1..1 | R | Specimen collection procedure | |
| 2 | act | entry | 1..1 | M | (alternativ zu Specimen Information Organizer) | |
| 3 | act | templateId | 1..1 | F | @root= 1.3.6.1.4.1.19376.1.8.1.4.8 | |
| 3 | act | title | 1..1 | R | Problem organizer | |
| 2 | part | 0..1 | O | |||
| 3 | role | author | 1..1 | R | Diese Section sollte ein Autor Element enthalten, wenn der Autor dieser Section von dem in höheren Ebenen des Dokuments verschieden ist. | |
| 4 | ent | Person | 0..1 | R | Arzt |
Beispiel:
Die Informationsstruktur kann infolge der Hierarchie von Einsendung, Parts, Blocks und Slides sehr komplex werden. Als ein konkretes Beispiel soll das der xml-Instanz im Anhang A dienen:
Einsendung (Specimen): Zystoprostatektomiepräparat
a) specimen collection method:
a1) radical cystoprostatectomy (procedure), for all
b) specimen type:
b1) specimen from urinary bladder obtained by radical cystectomy (specimen)
b2) specimen from prostate obtained by radical prostatectomy (specimen)
b3) Tissue specimen from urethra (specimen)
b4) specimen obtained by marginal resection (specimen)
c) specimen collection source site:
c1) prostate and urinary bladder combinated site (body structure), for b1), b2)
c2) Urethra part (body structure), for b3), b4)
d) specimen treatmentProcedure:
d1) Tissue processing technique, routine, embed, cut and stain, per surgical specimen (procedure), for b1) through b3)
d2) Tissue frozen section technique, complete (procedure), for b4)
Vom Pathologiesystem werden für jedes dieser Items separate IDs vergeben, die diese Hierarchie wiedergeben können, aber nicht müssen. Im APSR finden diese IDs Verwendung bei der Referenzierung der AP observations. Jede ID muss eineindeutig die Charakteristika des jeweiligen Specimens rückverfolgbar machen.
Das nachfolgende XML-Beispiel drückt das noch nicht aus!
<section>
<templateId root='1.3.6.1.4.1.19376.1.8.1.2.99'/>
<code code='68992-7' displayName='Specimen-related information panel'
codeSystem='2.16.840.1.113883.6.1' codeSystemName='LOINC'/>
<title>PROCEDURE STEPS</title>
<text>
Probe 1 (bezeichnet mit “Mammabiopsie links”) wird für Gefrierschnitt aufgearbeitet.
Restgewebe für Paraffinhistologie.
Probe 2 (bezeichnet als “ax.Fettgewebe apikal”), in zwei Teilen übersandt, wird vollständig gebettet und mit zahlreichen Schnittstufen untersucht.
</text>
<!-- Specimen Information Organizer -->
<entry>
<organizer classCode="CLUSTER" moodCode="EVN">
<templateId root="1.3.6.1.4.1.19376.1.8.1.4.4"/>
<!-- followed by Specimen collection procedure and Problem organizer -->
</organizer>
</entry>
</section>
