Quelltext der Seite IG:Biomarker- und Genomanalysebefund

<!--

    Implementierungsleitfaden "Biomarker- und Genomanalysebefund"
  
-->
{{Infobox Dokument
|Title     = Biomarker- und Genomanalysebefund<br/>auf Basis der HL7 Clinical Document Architecture Release 2
|Short     = Biomarker- und Genomanalysebefund
|Namespace = cdagene
|Type      = Implementierungsleitfaden
|Submitted = HL7 Deutschland
|Version   = 0.10
|Date      = 17. April 2019
|Copyright = 2018-2019
|Status    = Entwurf
|Period    = Entwurf
|Verfahren = Standard zur Probe (STU)
|OID       = n.n.
|Realm     = Deutschland
}}
{{Infobox Contributors Begin}}
{{Contributor | Logo = Logo-hsnr.png | Name = Hochschule Niederrhein | Location = Krefeld }}
{{Contributor | Logo = Logo-hl7.jpg | Name = HL7 Deutschland e. V. | Location = Köln }}
{{Contributor | Logo = Logo-Hcs.jpg | Name = Heitmann Consulting and Services GmbH, Gefyra GmbH | Location = Hürth}}
{{Infobox Contributors End}}

= Dokumenteninformationen=
==Dokumentenhistorie==
{{:Ballotbox_Genbefund}}

==Impressum==
Dieser Leitfaden ist Rahmen des Projekts ''GENeALYSE'' entstanden, im Interoperabilitätsforum und den Technischen Komitees von HL7 Deutschland e. V. vorgestellt und unterliegt dem Abstimmungsverfahren des Interoperabilitätsforums<ref>Abstimmungsverfahren (Regeln) des Interoperabilitätsforums http://wiki.hl7.de/index.php?title=Abstimmungsverfahren_(Regeln)</ref> und der Technischen Komitees von HL7 Deutschland e. V. <ref>HL7 Deutschland e. V. http://www.hl7.de</ref>.
{{HL7transclude| cdaab3:Disclaimer}}
{{HL7transclude| cdaab3:CopyrightNutzungsbedingungen}}

==Autoren==
===Texte und Beiträge===
*Teja-Falk Radke, Hochschule Niederrhein (Krefeld)
*Franziska van Wüllen, Hochschule Niederrhein (Krefeld)
*Simon Roschu, Hochschule Niederrhein (Krefeld)
*Elisabeth Pantazoglou, Hochschule Niederrhein (Krefeld), stellvertretende Leiterin HL7 Technisches Komitee Terminologien
*Simon Roschu, Hochschule Niederrhein (Krefeld)
*Prof. Dr. med. Sylvia Thun, Hochschule Niederrhein (Krefeld), Berliner Institut für Gesundheitsforschung (Berlin), HL7 Deutschland e.V. (Berlin), Leiterin HL7 Technisches Komitee Terminologien (Krefeld, Berlin)
===CDA-Sepzifikation===
*Julian Sass, Berliner Institut für Gesundheitsforschung (Berlin)
*Dr. med. Kai U. Heitmann, HL7 Deutschland e.V. (Berlin), Heitmann Consulting and Services (Hürth), Gefyra GmbH (Hürth)

=Einleitung=
==Das Projekt GENeALYSE==
Im Rahmen des Projektvorhabens GENeALYSE soll eine standardisierte und interoperable Grundlage zur beschriebenen Problematik in der Befundabbildung und -übermittlung erarbeitet werden, da die Befundung der genomischen Diagnostik bei onkologischen Erkrankungen in Deutschland derzeit keine einheitliche Befundstruktur aufweist. Ziel des Projektes ist die Bereitstellung eines Implementierungsleitfadens zur Optimierung der Zusammenarbeit zwischen Diagnostik und Therapie in Medizin und Forschung im Bereich der Genomanalytik. GENeALYSE soll unter anderem die Abstimmung zwischen diagnostischem Genomlabor und klinischer Therapieentscheidung optimieren, um Therapiesicherheit und -erfolg zu steigern sowie die gesundheitsbezogene Lebensqualität betroffener Patientinnen und Patienten zu verbessern. 

===Stand der Forschung===
Krebserkrankungen zählen zu den häufigsten Erkrankungen der Gesellschaft. Die Ursachen von Krebs sind vielschichtig. Die Hauptsachen für die steigende Neuerkrankungsrate sind jedoch die zunehmende Lebenserwartung und der Rückgang anderer lebensbedrohlicher Erkrankungen. Daneben sind Krebserkrankungen mit einer hohen Mortalitätsrate verbunden. Etwa jeder vierte Todesfall in Deutschland war im Jahr 2012 durch Krebs bedingt.<ref>Deutsches Krebsforschungszentrum (2013)</ref>

Fortschritte in der Molekularbiologie haben in den letzten Jahren viele neue Erkenntnisse über die Entstehung von Krebs erbracht. Neben äußeren Risikofaktoren nimmt die genetische Disposition eines jeden Menschen eine wesentliche Rolle bei der Krebsentstehung ein.

Zusätzlich dazu liefert die molekulargenetische Diagnostik des Tumorgewebes genaue Informationen über mögliche gezielte Angriffspunkte einer effizienten Therapie. Die neuen Methoden der Genomsequenzierung werden unter dem Begriff „Next Generation Sequencing“ (NGS) und „Precision Medicine“ zusammengefasst. Sie besitzen im Einsatz mit medizinischen Datenbanken das Potenzial, Erkrankungswahrscheinlichkeiten vorherzusagen und Therapien zielgerichteter einzusetzen und damit die Lebensqualität sowie die Überlebensraten der betroffenen Patientinnen und Patienten zu verbessern.<ref>Deutsches Krebsforschungszentrum (2011)</ref>

Um jedoch fundierte Diagnosen erstellen zu können, bedarf es anerkannter Referenzdatenbanken, die nicht in jedem Fall lizenz- und kostenfrei zur Verfügung stehen. Neben einer gezielten Anforderung zum Nachweis der Existenz einer bestimmten Mutation im Zusammenhang einer einzelnen klinischen Fragestellung, können mittlerweile ganze (Sub-) Genomsequenzen für die Diagnostik herangezogen werden. Dies birgt das Risiko, dass die Anforderungen nicht eindeutig formuliert werden. Die Interpretation der ermittelten Genomsequenzen wird des Weiteren nach bestem Wissen der Ärztin/Naturwissenschaftlerin oder des Arztes/Naturwissenschaftlers erhoben. Hier dienen zwar oftmals Datenbanken zur Befundunterstützung, jedoch existiert auch hier das Problem, dass diese entweder kommerziell zur Verfügung gestellt werden, oder bei frei zugänglichen Plattformen keinem standardisiertem Verfahren gefolgt werden kann.<ref>Deutsches Krebsforschungszentrum (2016)</ref>

Aufgrund eines uneinheitlichen Begriffsverständnisses kann dies weitreichende Folgen für Therapieentscheidungen bei Patientinnen und Patienten haben. Vor dem Hintergrund der 
technologischen Entwicklungen im Bereich der NGS und der damit verbundenen umfassenderen genetischen Diagnostik (bis hin zu vollständigem Exom- und Genom-Analysen) stellt die Interpretation der identifizierten Sequenzvarianten hinsichtlich ihrer möglichen krankheitsverursachenden Effekte (Pathogenität) eine große Herausforderung dar. 

Erschwerend kommt hinzu, dass die Auswerteprogramme unterschiedliche Ausgabeformate nutzen und auch in den vorhandenen Datenbanken unterschiedliche Annotationen von Mutationen hinterlegt sind. Ein schwerwiegendes Problem der Stakeholder ist, dass die Befundübermittlung nach keinem standardisierten Verfahren erfolgt. Die Übermittlung molekular-genetischer Diagnoseergebnisse am Tumormaterial erfolgt vorwiegend papiergebunden. Lediglich Textbausteine können hier zur Unterstützung des Befundes herangezogen werden. Nebst fehlendem Einsatz von syntaktischen Standards werden auch keine semantischen Bezugssysteme standardisiert eingesetzt.<ref>Li MM, Datto M, Duncavage EJ, Kulkarni S, Lindeman NI, Roy S, Tsimberidou AM, Vnencak-Jones CL, Wolff DJ, Younes A, Nikiforova MN: Standards and Guidelines for the Interpretation and Reporting of Sequence Variants in Cancer: A Joint Consensus Recommendation of the Association for Molecular Pathology, American Society of Clinical Oncology, and College of American Pathologists (2017)</ref>

Aufgrund eines uneinheitlichen Begriffsverständnisses kann dies weitreichende Folgen für Therapieentscheidungen bei Patientinnen und Patienten haben. Vor dem Hintergrund der technologischen Entwicklungen im Bereich der NGS und der damit verbundenen umfassenderen genetischen Diagnostik (bis hin zu vollständigem Exom- und Genom-Analysen) stellt die Interpretation der identifizierten Sequenzvarianten hinsichtlich ihrer möglichen krankheitsverursachenden Effekte (Pathogenität) eine große Herausforderung dar. 

Eine aktuelle, strukturierte und standardisierte Datenabfrage des vorhandenen Wissens für eine funktionelle Klassifizierung von DNA-Sequenzvarianten (neutrale Normvariante/Polymorphismus, Variante mit unklarer klinischer Bedeutung [VUS] oder pathogene Mutation) bildet die Grundlage für evidenzbasierte klinische Handlungsoptionen und Therapieentscheidungen. Insbesondere erfordert die molekulargenetische Diagnostik zur Feststellung einer genetischen Prädisposition für häufige Krebserkrankungen die evidenzbasierte Interpretation der Analyseergebnisse, die standardisierte  Befunderstellung für die behandelnden Ärzte und strukturierte Kommunikation relevanter Befunde mit den betroffenen Patienten, um eine aufgrund fehlender Interpretationskompetenz der betreuenden Ärzte therapeutische oder präventive Fehlentscheidungen, bis hin zu nicht-indizierten prophylaktischen Operationen zu vermeiden. 

Die hohe fachliche Komplexität des Themas und der Umfang der erhobenen Informationen innerhalb der Genomanalytik stellen auch eine Herausforderung für die Standardisierung dar.

===Projektziele===
Das Ziel des Projektvorhabens ist die Standardisierung der Ergebnisübermittlung von Genomanalysen mit Hilfe des hier vorliegenden Implementierungsleitfadens. Dies erforderte eine genaue Analyse der derzeitigen IST-Situation bei den beteiligten Akteurinnen und Akteuren unter Beachtung der gesetzlich regulativen Rahmenbedingungen, vor allem im Bereich Datenschutz und Ethik. Daraus abgeleitet wurde eine SOLL-Konzeption erstellt, welche die Basis für Standardisierungsmaßnahmen bildete. Die semantische Annotation bildet dabei das zentrale Element der Arbeiten, da sie wesentlichen Einfluss auf zukünftige Nutzbarkeit für die Anwenderinnen und Anwender nimmt. Eine einheitliche Definition der Fachterminologien in Kombination mit geeigneten syntaktischen Standards und Schnittstellen gewährleistet, die derzeit unstrukturierten Daten vielseitig für Anwenderinnen und Anwender nutzbar zu machen.

Eine Standardisierung der Befundsemantik und Befundstruktur soll einen wesentlichen Beitrag zu folgenden Punkten leisten:
#Die Kommunikation zwischen den beteiligten Akteurinnen und Akteuren wird wesentlich verbessert.
#Die wissenschaftlich-fundierte Befundung und Ergebniskommunikation wird optimiert.
#Die Bewertung von Prognosen für einen Therapieerfolg wird unterstützt.
#Die Verbesserung der Forschungs- und Wissensbasis im Hinblick auf Optimierung der medikamentösen Therapie.
#Die Versorgungsforschung im Bereich der personalisierten Krebsbehandlung wird vorangetrieben.

==Hierarchische Ansicht der Komponenten zum Biomarker- und Genomanalysebefunddokument ==
Die folgende hierarchische Zusammenstellung gibt eine Übersicht über die einzelnen Komponenten des Biomarker- und Genomanalysebefunds.
<!-- 
{{:2.16.840.1.113883.3.1937.99.61.48.10.1/hgraph}}
-->
Des Weiteren wird verwiesen auf die Ausführungen Abschnitt "Arztbriefstruktur" im Arztbrief Plus<ref name="abplus"> Implementierungsleitfaden "Arztbrief Plus", HL7 Deutschland 2017-2019 http://download.hl7.de/documents/cdar2-arztbrief/ArztbriefPlus-v312.pdf</ref> zu Kardinalität, Konformität, NullFlavor und den besonderen Hinweise zur Verwendung von Identifikationen (IDs). Weitere Informationen werden im Folgenden gegeben.

==Besonderheiten bei der CDA-Spezifikation "Biomarker- und Genomanalysebefund"==

=== Erläuterungen zu Kardinalität, Konformität, NullFlavor===
Es wird auf die Erläuterungen andernorts zu den Themen
*Kardinalität, Konformität [http://wiki.hl7.de/index.php?title=v3dtr1:Kardinalitäten]
*NullFlavor [http://wiki.hl7.de/index.php?title=v3dtr1:NullFlavor]
hingewiesen.

===Besondere Hinweise zur Verwendung von Identifikationen (IDs)===
In diversen Templates ist die Angabe von identifizierenden Merkmalen möglich. Dabei sind beispielsweise gemeint
* Patienten, identifiziert über die Krankenversichertennummer (KVNR),
* Gesundheitsdienstleister, typischerweise identifiziert über die Lebenslange Arztnummer (LANR),
* Betriebsstätten, typischerweise identifiziert über die Betriebsstättennummer (BSNR),
* Institutionskennzeichen (IKNR) z. B. für Abrechnungen und Qualitätssicherungsmaßnahmen im Bereich der deutschen Sozialversicherung.

Hinweise zu den Identifikationen und Best Practive finden sich im Wiki des Interoperabilitätsforums<ref>Informationen zu LANR und BSNR http://wiki.hl7.de/index.php?title=LANR_und_BSNR</ref>, <ref>Best Practice Leitseite des Interoperabilitätsforums http://wiki.hl7.de/index.php?title=Kategorie:Best_practice</ref>.

====Krankenversichertennummer (KVNR)====
Die Krankenversichertennummer (KVNR) besteht im unveränderliche Teil aus insgesamt 10 Stellen, beginnend mit einem alphanumerischen Zeichen.

Die Krankenversichertennummer für einen Patienten wird im id-Element der Rolle (... etc.) in der @extension angegeben. Das Identifikationssystem hat die registrierte OID 1.2.276.0.76.4.8 (Versichertennummer, unveränderbarer Teil der Krankenversichertennummer zur Identifikation des Versicherten, gemaess §290 SGB V; für PKV Versicherte: gleich Versicherungsnummer) und wird im @root-Attribut gekennzeichnet.
<syntaxhighlight lang="xml" highlight="3">
<recordTarget typeCode="RCT" contextControlCode="OP">
  <patientRole classCode="PAT">
    <id root="1.2.276.0.76.4.8" extension="G970865268"/>
    ...
  </patientRole>
</recordTarget>
</syntaxhighlight>

==== Lebenslange Arztnummer (LANR)====
Die LANR für den entsprechenden Arzt wird im id-Element seiner Rolle (assignedEntity, assignedAuthor etc.) in der @extension angegeben. Das Identifikationssystem LANR hat die registrierte OID 1.2.276.0.76.4.16 und wird im @root-Attribut gekennzeichnet.
<syntaxhighlight lang="xml" highlight="2">
<assignedAuthor>
     <id root="1.2.276.0.76.4.16" extension="381259301"/>
    ...
</assignedAuthor >
</syntaxhighlight>
==== Betriebsstättennummer (BSNR)====
Die BSNR für die entsprechende Betriebsstätte wird im id-Element der Rolle (... etc.) in der @extension angegeben. Das Identifikationssystem BSNR hat die registrierte OID 1.2.276.0.76.4.17 und wird im @root-Attribut gekennzeichnet.
<syntaxhighlight lang="xml" highlight="2">
<representedOrganization>
      <id root="1.2.276.0.76.4.17" extension="981069211"/>
      <name>Beispiel Krankenhaus</name>
</representedOrganization>
</syntaxhighlight>
====Institutionskennzeichen (IKNR)====
Für die Angabe eines Institutionskennzeichens enthält im id-Element das @extension Attribut das Institutionskennzeichen (IKNR) und @root = 1.2.276.0.76.4.5, die OID für IK-Nummern in Deutschland
<syntaxhighlight lang="xml" highlight="2">
<scopingOrganization>
      <id root="1.2.276.0.76.4.5" extension="302205023"/>
      <name>Beispiel Krankenhaus</name>
</scopingOrganization >
</syntaxhighlight>

==Hinweise zu den Darstellungen der Templates==
Im folgenden Abschnitt dieser Spezifikation werden alle Templates aufgeführt. Die Darstellung der Definitionen erfolgt in Tabellenform. Weitere Hinweise, die möglicherweise für das Verständnis der Template-Definitionen nötig sein könnten, finden sich in englischer Sprache auf den Erläuterungsseiten von ART-DECOR<ref>ART-DECOR: How to read ART-DECOR Definitions [https://art-decor.org/mediawiki/index.php?title=How_to_read_ART-DECOR_Definitions]</ref>.

<div class="landscape">

=CDA Document Level Templates=
== CDA Dokument für den Biomarker- und Genomanalysebefund ==
{{:2.16.840.1.113883.2.6.60.13.10.1/hgraph}}
{{:2.16.840.1.113883.2.6.60.13.10.1/dynamic}}
=CDA Header Level Templates=
Es wurden keine für diesen Leitfaden spezifischen Header Level Templates definiert.
=CDA Section Level Templates=
==Background Section==
{{:2.16.840.1.113883.10.20.20.1.9.1/dynamic}}
==Empfehlungen Section==
{{:2.16.840.1.113883.2.6.60.13.10.14/dynamic}}
==Findings Section==
{{:2.16.840.1.113883.10.20.20.1.12/dynamic}}
==Indications Section==
{{:2.16.840.1.113883.10.20.20.1.11/dynamic}}
==Indikation Section==
{{:2.16.840.1.113883.2.6.60.13.10.9/dynamic}}
==Interpretation Section==
{{:2.16.840.1.113883.10.20.20.1.13/dynamic}}
==Methodology Section==
{{:2.16.840.1.113883.10.20.20.1.9.2/dynamic}}
==References Section==
{{:2.16.840.1.113883.10.20.20.1.9.3/dynamic}}
==Specimen Section==
{{:2.16.840.1.113883.10.20.20.1.7/dynamic}}
==Test Information Section==
{{:2.16.840.1.113883.10.20.20.1.9/dynamic}}
==Test Performed Section==
{{:2.16.840.1.113883.10.20.20.1.10/dynamic}}
==Testdetails Section==
{{:2.16.840.1.113883.2.6.60.13.10.18/dynamic}}
==Testinformationen Section==
{{:2.16.840.1.113883.2.6.60.13.10.19/dynamic}}
==Untersuchungsmaterial Section==
{{:2.16.840.1.113883.2.6.60.13.10.17/dynamic}}
==Zusammenfassende Interpretation Section==
{{:2.16.840.1.113883.2.6.60.13.10.10/dynamic}}
==Zusammenfassung Durchgeführte Untersuchungen Section==
{{:2.16.840.1.113883.2.6.60.13.10.8/dynamic}}
==Zusammenfassung Section==
{{:2.16.840.1.113883.2.6.60.13.10.13/dynamic}}

=CDA Entry Level Templates=
==Clinical Genomic Statement==
{{:2.16.840.1.113883.10.20.20.2/dynamic}}
==Clinical Genomic Statement Overall Interpretation==
{{:2.16.840.1.113883.10.20.20.2.4/dynamic}}
==Genetic Disease Assessed Indication Observation==
{{:2.16.840.1.113883.10.20.20.3.3.1/dynamic}}
==Genomic Associated Observation==
{{:2.16.840.1.113883.10.20.20.4/dynamic}}
==Genomic Observation Reference==
{{:2.16.840.1.113883.10.20.20.6/dynamic}}
==Genomic Observations Organizer==
{{:2.16.840.1.113883.10.20.20.5.1/dynamic}}
==Genomic Source Class==
{{:2.16.840.1.113883.10.20.20.3.2/dynamic}}
==Indication Observation==
{{:2.16.840.1.113883.10.20.20.3.3/dynamic}}
==Interpretive Phenotype==
{{:2.16.840.1.113883.10.20.20.2.5/dynamic}}
==Medication Assessed Indication Observation==
{{:2.16.840.1.113883.10.20.20.3.3.2/dynamic}}
==Medikation Beurteilung Indikation==
{{:2.16.840.1.113883.2.6.60.13.10.7/dynamic}}
==Test Performed Observation==
{{:2.16.840.1.113883.10.20.20.3.4/dynamic}}

= Templates aus Repositories (nicht zur Abstimmung stehend)=

Die folgenden Templates stehen im Rahmen dieses Leitfadens nicht zur Abstimmung, da sie aus anderen Repositories entlehnt wurden.
* [[1.2.276.0.76.10.2001]] CDA recordTarget
* [[1.2.276.0.76.10.2004]] CDA custodian
* [[1.2.276.0.76.10.2005]] CDA informationRecipient
* [[1.2.276.0.76.10.2007]] CDA author Person
* [[1.2.276.0.76.10.2011]] CDA participant Notfallkontakt
* [[1.2.276.0.76.10.2012]] CDA participant Hausarzt
* [[1.2.276.0.76.10.2017]] CDA dataEnterer
* [[1.2.276.0.76.10.2018]] CDA Informant
* [[1.2.276.0.76.10.2019]] CDA authenticator
* [[1.2.276.0.76.10.2020]] CDA legalAuthenticator
* [[1.2.276.0.76.10.2021]] CDA participant Angehörige
* [[1.2.276.0.76.10.2022]] CDA participant Kostentraeger
* [[1.2.276.0.76.10.2023]] CDA participant Einweiser
* [[1.2.276.0.76.10.2024]] CDA participant Weitere Beteiligte
* [[1.2.276.0.76.10.2025]] CDA participant Ansprechpartner
* [[1.2.276.0.76.10.2026]] CDA participant Betreuungsorganisation
* [[1.2.276.0.76.10.2027]] CDA encompassingEncounter Patientenkontakt
* [[1.2.276.0.76.10.90010]] CDA Person Elements
* [[1.2.276.0.76.10.90011]] CDA Organization Elements
* [[1.2.276.0.76.10.90012]] CDA Assigned Entity Elements
* [[1.2.276.0.76.10.90020]] RelatedEntity (Body)
* [[1.2.276.0.76.10.90021]] Encounter Location
* [[1.2.276.0.76.10.90030]] Personenname

</div>

=Terminologien=
==Value Sets==
* [[2.16.840.1.113883.10.20.20.9.1]] Allelic State
* [[2.16.840.1.113883.10.20.20.9.2]] Amino acid change type
* [[2.16.840.1.113883.10.20.20.9.4]] DNA sequence variation change type
* [[2.16.840.1.113883.10.20.20.9.12]] Genomic source class

=Anhang=

=Literatur und Referenzen=
==Weiterführende Literatur==
Folgende Literatur ist zum Verständnis des Leitfadens hilfreich:

*"The CDA-Book", Keith Boone, Springer
* HL7 Datentypleitfaden

==Glossar und Abkürzungsverzeichnis==
Für ein Glossar der Begriffe wird auf die "Enzyklopädie des deutschen Gesundheitswesens" bei Interoperabilitätsforum verwiesen:
http://wiki.hl7.de/index.php?title=Kategorie:Enzyklopädie

Das Interoperabilitätsforum führt auch ein Abkürzungsverzeichnis:
http://wiki.hl7.de/index.php?title=Kategorie:Abkürzungen

==Referenzen==
<references/>
==Abbildungen==
<references group="Abbildung" />
Zurzeit keine.

== Tabellen==
<references group="Tabelle" />
Zurzeit keine.

[[Kategorie:IG]]